“越南输了理，口服心不服，以后什么事都会发生。”刘华清告诫海军领导，“南沙要说没事，十年八年都会风平浪静；要说紧急，可能明天就会发生战事。”因此，“一定要加强训练，密切协同，掌握敌情、海情、气象，时时刻刻心中有数。我们决不惹事，但只要他们来犯，就坚决将其歼灭！”
遵照刘华清的指令，中国海军于3月15日控制九章群礁的东门礁；3月25日，中国舰艇编队回航位于南沙群岛北部的中业群礁，登占渚碧礁。至此，中国海军在南沙群岛南部、中部和北部的六座岛礁上实现常备驻守。
3月31日。南海舰队在湛江隆重召开庆功大会，表彰参加南沙群岛赤瓜礁海域自卫还击战有功单位和人员。其中，502舰副枪炮长杨志亮荣立一等功，502舰荣立集体二等功，556舰、531舰荣立集体三等功。4月1日。中央军委主席邓小平颁发嘉奖令，对赤瓜礁参战部队予以通令嘉奖。4月2日。针对赤瓜礁海战后的新情况和新局势，刘华清和洪学智再次就南沙斗争问题召集海军主要领导进行研究部署。
刘华清指示，要加强对敌侦察，把敌情摸透，随时研究掌握敌情变化与活动规律，不仅要与敌人斗勇，更要斗智。关于兵力部署，刘华清要求，当前在南沙要形成水面、水下、空中多种兵力，保持一定数量，从气势上压倒敌人。