当地时间9月16日上午，安倍晋三内阁全体辞职，7年零8个月政权宣告落幕。
当地时间16日上午，日本现任内阁全体辞职
下午1点（北京时间12点），日本举行临时国会，先后在众、参两院全体会议上进行首相指名选举。众议员共投出462张有效投票，新任自民党总裁菅义伟获得314票。在参议院全体会议上，参议员共投出240张有效投票，菅义伟获得142票。根据国会法，菅义伟在众参议院两院的提名选举中获得半数以上议员的支持，正式当选为第99任日本首相。
随后，菅义伟前往首相官邸办公室，设立组阁本部，由下一任内阁官房长官对外公开阁僚名单。之后，菅义伟将在皇居参加首相任命仪式和阁僚认证仪式，正式宣布启动新内阁。
菅义伟在竞选伊始，就开宗明义宣布继承安倍基本路线。不少专家分析认为，菅义伟长期辅佐安倍，参与安倍政权所有重要政策制定和危机管理，被外界称为安倍的“万年秘书”。因此，他接任首相后，能在很大程度上延续安倍的内外政策。不过，菅义伟9月14日当选自民党总裁后，一刻也没耽误，雷厉风行地干了这么几件事。这时，大家才回过神来，或许，菅义伟政府的政策，并不是安倍政府政策的简单延续，而是一个新的变化节点；安倍的突然辞职，也并非身体原因那么简单，而是在下一盘大棋。
9月14日，菅义伟获胜后致意
菅义伟在当选自民党新总裁后的记者会上表示：“既然要出任首相，我将大胆任命适合我政策方针的人，我想召集那些有改革意愿的人，共同组建一个服务于国民的内阁。”
菅义伟说到做到，他当选后迅速对党内人事进行了调整，并对日本新任内阁的部分阁僚进行了安排。
据相关人士透露，菅义伟15日已经开始协调起用厚生劳动相加藤胜信担任新官房长官，接替他的将是曾出任过厚生劳动相的田村宪久。加藤胜信从2012年12月上台的第二届安倍内阁起就与菅义伟合作，分任正副官房长官2年10个月。他以坚实可靠的手腕著称，与首相安倍晋三关系密切。