首先是维护成本远超预算。澳空军的F-35A的飞行时间比计划少了23%，并且在未来三年这一趋势还将持续。造成这一问题的原因并非是缺飞行员或者是缺油，而是因为F-35A的地面维护时间比预期的要长，这将导致维护费用激增。按照澳方的统计，到2053年用在F-35A的维护费用将高达110亿美元，这笔钱足够再卖70架F-35A了。
其次，F-35A的性能也成问题，比如F-35A的最大速度只有1.6马赫，并且如此低的速度不仅只能维持90秒，还必须是在没有进行机动的情况下才能达到，这意味着在遇到紧急空情的情况下，澳大利亚空军的F-35A将无法及时飞到指定空域。想要解决这个问题，只能后续花钱更换推力更大的新发动机。
还有就是F-35A坑爹的航电软件升级问题。本来这是F-35最引以为傲的功能，通过软件升级就能增添新的功能和使用更多的新型弹药，一切看起来是多么的美好。但实际情况却狠狠地打了澳大利亚空军的脸，首先是其装备的F-35A的Block 3F软件版本问题不少，就连美国空军副参谋长都承认这个版本问题太多，无法有效对抗中俄。然后是号称完整版的Block 4的升级时间已经推迟到了2029年，并且这还是美国空军升级的时间，澳大利亚想要升级还得往后推，届时真的是黄花菜都凉了。印媒还特意提到，澳大利亚2013年斥资2.8亿美元购买的首批两架F-35A的航电系统软件已经无法升级，只能当教具使用。