这一发现凸显出两个问题，一是当时中国的监控能力较弱，菲律宾施工快半年了才侦察到，二是菲律宾的施工能力很拉胯，半年之久都未能完成黄岩岛高脚屋建设，要不结果不堪设想。
发现菲律宾的非法行径后，我国随即采取了强有力的军事、外交斗争，要求菲律宾立即停止一切非法建设和“坐滩”行动。
在中国强大压力下，菲律宾虽暂停了高脚屋建设，但拒绝将“坐滩”的旧军舰拖走，为此中国不得不将拖走“坐滩”的“507号 ”坦克登陆舰作为中国时任总理朱镕基正式访问菲律宾的前提。
当时朱镕基总理率领的代表团计划访菲并出席在马尼拉举办的领导人会议，正在马尼拉访问，代表团停留在了浮罗交怡岛，等待菲方处置黄岩岛“搁浅”船只问题。
在等待的同时，中国还派出了拖船部署在黄岩岛附近海域，多管齐下终于取得了预期的效果，菲总统埃斯特拉达很快向中国政府作了撤离保证，1999年11月29日，菲律宾拖船将507舰拖离浅滩。
时任菲总统埃斯特拉达
虽然菲律宾“搁浅”黄岩岛计划惨遭失败，但此后十多年中黄岩岛事实上是菲律宾在控制。
按中国人民大学国际关系学院副院长金灿荣的说法是：这期间每年52个礼拜，我们控制2个礼拜，菲律宾控制50个礼拜。为什么？因为远，三亚到黄岩岛1300公里，去一趟不容易，巴拉望去才149公里，9倍的距离。当时我们叫五龙治水，在海上执法的有海监、海警、渔政、环保、交通部，5大力量当中真的有大船就是海监和渔政，各有一条1000多吨的船。中央要他们一个单位去一个礼拜，所以他们两个一个上半年去，一个下半年去，去了以后就把菲律宾人竖的碑给推下去，然后在那喊说这是我的。
但是一个礼拜必须得回来，因为船小，维持一个礼拜生活就得赶紧回来，因为没有淡水。他一走，菲律宾就去了，就把我们的碑推下去，他在那里喊这是我的。所以1992年以前是美国人的，1992年被我们拿下，1997年菲律宾开始和我们争，从1997年到2012年，菲律宾占的比我们多，所以在黄岩岛这个地方，我们有好几批渔民被菲律宾抓起来了，后来还是我们花钱赎出来的。