然而，关于该如何申报与中国的合作项目，美国机构的规定往往语焉不详，令学术界感到困惑，事实上根本是“无心之过”。
美国学术界和亚裔社区反对“中国行动计划”的声浪空前高涨。去年9月以来，斯坦福、普林斯顿、加州大学伯克利分校、天普等大学的数百位教师，以及90多名国会议员分别致信司法部，要求终止或重新检视“中国行动计划”。亚裔组织“亚裔正义联盟”、“亚美学者论坛”等组织鼎力支持。反对者们说“中国行动计划”加剧了对华裔科学家的种族歧视，也让美国学术研究和中美学术合作陷入窘境。
本周，美国华人联合会在美司法部外组织示威抗议活动，要求停止“中国行动计划”。192名耶鲁大学教授本周联名致函美司法部长加兰称，该计划存在根本缺陷，在种族定性等多个层面存在问题。
一片反对浪潮中，“中国行动计划”接连受挫。在过去一年中，至少有8名被告被撤销指控或无罪释放。
美国政府的做法令学术界人人自危，也加速了华裔科学家回流。据《华尔街日报》12月23日报道，超过六名华裔顶尖研究人员在接受采访时表示，他们要么已经从美国大学的职位跳回中国，要么正在寻找这样的机会。
对于所谓“中国行动计划”，中国外交部发言人汪文斌14日明确表态称，这实质是美国的反华势力滥用国家安全概念，对中国进行遏制打压的工具。美方应当倾听各界的正义之声，切实纠正错误做法，停止以中国为假想敌，停止编造借口对中国抹黑打压，停止干扰中美在科技人文等领域的正常交流合作。