这一时期，国际政治军事格局发生剧变，国家改革开放事业全面推进，社会主义市场经济体制逐步建立，军队工作处于继往开来的重要阶段。刘华清同志主持拟定军队建设“八五”计划和十年规划的工作，在反复论证的基础上，提出必须继续贯彻稳定部队的方针，必须重视军队的质量建设，必须下决心收缩摊子，必须突出建设重点，必须加强集中统一，必须坚持勤俭建军的指导原则。1991年1月，中央军委扩大会议正式审查通过了《关于“八五”期间军队建设计划纲要》，军队的发展有了明确的依据，开始有计划分步骤地推进。
他坚持党对军队绝对领导的根本原则，坚持把革命化放在军队建设的首位，大力弘扬老红军优良传统，着力加强军队思想政治建设，加强军队党的建设，确保军队建设坚定正确的政治方向。他把选好人、用对人和各级领导班子建设视为关系到枪杆子掌握在谁的手中的大问题，坚持公道正派地选人用人，保证大批德才兼备的优秀干部得到提升使用。
他参与领导研拟新时期军事战略方针，并将其坚决贯彻于国防和军队建设的方方面面，强调在战略指导上要突出威慑、慎战和自卫，在战役战斗上要积极运用和发展攻势作战思想，夺取战争主动权。他明确提出新时期军事斗争准备需要把握六条原则，一是注重质量建设；二是突出重点；三是加强综合配套；四是积极稳妥地进行调整改革；五是坚持长期建设、分步实施；六是实行军民兼容，平战结合，使军事斗争准备的基点真正转到打赢现代条件特别是高技术条件下的局部战争上，推动国防和军队建设进入新的发展阶段。
他洞悉现代战争特点和世界军事技术发展趋势，根据我国经济科技发展实际，跟踪世界水平，着眼长远发展，大力推进科技强军的进程。他明确提出军队建设要走重视质量建设的路子，科技强军是长期发展的战略，主张军队装备建设的发展重点应放在海军、空军和战略武器上，并提出了具体的发展项目，被中央军委所采纳并付诸实施。他重点规划与组织研制了一系列高新武器装备，大力推进武器装备的更新换代，推动实施卫星、载人航天工程，强调要坚定不移地发展精干有效、具有威慑力量的核武器。他几乎走遍国防科研一线厂、所、院校、试验基地，指示国防科技工业要加强宏观管理和调控，转变机制，走良性发展的道路。他为军队装备现代化建设和国防科技工业的发展作出了卓越贡献。
他积极推动对外军事合作与交流。他敏锐地抓住时机，提出在“以我为主”的基础上，借鉴外军技术，“充分吸收利用，以加快前进速度”，积极推动引进国外先进装备和技术，加快了国防科技和武器装备建设的步伐。他多次率团出访和接待外国军事代表团来访，参与决策我军参加国际军事观察、军备军控谈判、军事维和等涉外工作，增进了我军与外军的友谊和相互了解。
他坚决贯彻走中国特色精兵之路的方针，坚持精兵合成、提高效能、平战结合的原则，坚持优化军队编制体制，坚持把教育训练摆到战略位置，坚持从难从严训练部队，积极探索新形势下的练兵方法，着力解决机械化部队的战斗力形成问题。他始终重视院校建设，把培养和造就大批现代化军事人才作为立军之本。他坚持依法治军、从严治军，科学管理部队，发扬尊干爱兵的优良传统。他坚持艰苦奋斗、勤俭建军，充分挖掘现有物质条件的潜力，努力提高后勤保障能力。
他把解放军进驻香港作为中国政府对香港恢复行使主权的重要标志，维护国家主权和安全、保持香港繁荣稳定的重要保证，认真谋划驻港部队的筹建和进驻香港履行防务的准备工作，为解放军顺利进驻香港履行防务职责奠定了基础。
刘华清同志在主持军委日常工作期间，在江泽民主席领导下，与军委其他领导同志共同努力，使军队的各项事业稳步推进，成就显著。江泽民主席曾评价说：“五年来，这届军委做了大量的富有成效的工作，军队全面建设有了很大进步。”这个评价也是全军官兵共同的感受。