一是地区间竞争产生的负面效应。尽管地区间竞争会带来积极效应，会驱动地方政府加快基础设施建设、改善营商环境、出台优惠政策和招商引资等，但也会产生负面效应。各地为了本地GDP和税收，拼命上项目，加上产业总体上处于低端环节，以至于出现了较大范围的低水平重复建设，造成大量产能过剩。也因为同样的逻辑，地方政府总是倾向于保护本地企业，甚至保护落后产能，阻碍了市场优胜劣汰功能的发挥，产能过剩此起彼伏。近年来，随着供给侧结构性改革的推进，这种现象有所减少，但仍然在一定范围内客观存在。
二是城乡二元导致的市场分割。这表现在要素市场的各个方面：劳动力在城乡间的流动、区域间的流动仍然受制于户籍制度的束缚；农村建设用地像城市建设土地那样同地、同权、同价的机制还在探索；在商品服务方面，受制于监管能力的差异，一些地方农村流通的商品与城市同类商品相比，看上去很像，但质量标准差得很远，部分甚至就是假冒品牌、伪劣商品；在交通物流市场设施和公共服务方面，城乡市场差距比较显著，制约着商品要素的自由流动，反过来加剧了发展的不平衡。
三是部分领域行政配置资源的色彩仍然浓厚。中国的市场经济是由计划经济转型而来，尽管经过40年的改革开放，社会主义市场经济体制日益完善，但在一些领域计划和行政色彩仍然浓厚，制约着市场配置资源决定性作用的发挥。比如，在能源领域，中国是能源进口和消费大国，却在能源定价上，缺乏全球话语权，这与高度管制政策有关。再比如，在电力领域，直到去年出现大规模电荒，煤电上网电价才逐步放开。此外，还有一些领域存在不同程度的玻璃门、弹簧门现象。一些领域的市场准入在不同地方的政策各不相同，企业在一个地方能注册，换一个地方就不行等。
四是资本在部分领域无序扩张，甚至形成市场垄断。比如，近几年房地产一业独大，房价高企，绑架中国经济，大量资本裹挟着银行贷款无序涌入房地产业，不仅扰乱了城市规划，还绑架了中国经济，以至于宏观调控投鼠忌器，被动应战。再比如，金融业脱实救虚，畸形发展，目前金融业的平均收入水平是制造业的好几倍，金融业上市公司的利润占了全部上市公司利润的一半，大量资本争夺牌照资源，银行表外业务急剧膨胀，大量资金空转在实体经济之外，一些资本打着金融创新旗号，大搞老鼠仓，哄骗老百姓，前几年盛行的P2P就是典型。再比如，互联网行业赢家通吃，野蛮生长，出现了限制竞争，价格歧视，泄露个人隐私，损坏消费者权益，风险隐患积累等一系列问题，存在监管滞后，甚至监管空白。所有上述现象反映了中国这个超大规模单一市场仍需要进一步规范，进一步改革。