25日的协议涉及解除武装这一敏感话题。摩伊解同意将其1.1万名武装人员中的一些人编入菲律宾政府军，在第三方的监督下逐步解除其他人的武装，目前尚未指定第三方。

正式签署之后，协议还必须在菲律宾国会获得批准，在新成立的自治区通过公民投票，但分析人士认为该协议极有可能获得通过。

协议能否成功，很大程度上取决于摩伊解是否有能力约束其他激进组织的暴力活动。摩伊解将负责自治区的内部安全。为此，该和平协议设想伊斯兰当局会与菲律宾安全部队密切合作。

另一个重要组织摩洛民族解放阵线(Moro National Liberation Front)在1996年签署了和平协议，但该协议允许叛军保留武器，并且没有努力终结暴力。这批武装分子反对最新的协议，他们称该协议侵犯了他们根据自己制定的协议获得的自治权。去年9月，该组织的一些派系参与了进犯菲律宾南部城市三宝颜的行动，该次行动造成逾200人死亡，其中大部分是武装分子。

政府谈判代表表示，促使棉兰老岛进一步发展、向该地区规模最大的温和派伊斯兰组织赋予权力，将有助于减少暴力及违法活动。美国在棉兰老岛驻有大约500名特种部队士兵，帮助菲律宾军方打击最暴力的组织。

一名分析人士对持久和平的可能性表示怀疑。“阿基诺政府急于结束冲突，邀功，但这不是和平，”《菲律宾星报》专栏作家伯比特·阿维拉说。“这不会带来和平，除非棉兰老岛上所有的武装组织都加入协议。”