从1993年到1996年间，俄国防部长格拉乔夫责成总参谋部、各军种总司令部及相关科研机构开展了一系列研究，最终由总参谋部提出了一项名为“改革-2000”的方案，即首先于2000年前建立四军种结构，2000年后逐渐向按武装力量的行动范围陆、海、空天三军种过渡。总参谋部当时之所以考虑要先建立四军种结构，主要是考虑到战略火箭军的军种地位难以撼动，削减军种的方案主要通过撤销国土防空军来实现。1996年第一次车臣战争期间，格拉乔夫因工作不力被迫下台，这一方案也因此搁浅。
罗季奥诺夫接任国防部长后，坚持暂时保持原军兵种体制不变，这一主张同叶利钦信任的国防会议秘书巴图林产生了严重分歧。巴图林坚持要将国土防空军和空军合并，并将军事航天力量和导弹太空防御部队并入战略火箭军，组建一个新军种——导弹太空军。由于仅仅担任了10个月的防长，罗季奥诺夫在军队改革上并没有多大作为就被迫下台，由战略火箭军总司令谢尔盖耶夫接替。谢尔盖耶夫自然选择了巴图林的方案，不顾国土防空军将领们的强烈反对，大刀阔斧开始合并。1997年底，战略火箭军接收了军事航天力量和原隶属于国土防空军的导弹太空防御部队等共578个单位；1998年底，国土防空军和空军合并为新空军。这种简单化的合并此后遭到了部分军方领导和军事专家的强烈批评。俄安全会议秘书科科申就公开表示，战略火箭军不仅不应强化其军种地位，还应该被并入陆军。这一时期，俄军兵种结构调整主要围绕两个问题，一是战略火箭军的军种地位问题，其实质是核力量与常规力量之争；二是军事航天力量的归属问题，这涉及未来空天力量的建设发展。