巡防舰上48组垂直发射箱，依作战任务不同，将天剑二与天弓三两款舰空导弹与增程型垂直发射反潜火箭作混合搭配。推测可分配12组垂直发射箱装载四十八枚剑二舰空导弹，24组垂直发射箱携带24枚天弓三舰空导弹，另外的12组垂直发射箱装载增程的反潜火箭（VLA-ER）。近迫防卫则由前后两套中科院“海箭羚近程导弹防御系统”担纲。
反舰导弹估计至少可携带16枚导弹，由雄风二反舰导弹、雄风三超音速反舰导弹及雄二E-ER攻陆巡航导弹，依任务需求混合配置。对于一艘二千吨（满载近三千吨）的巡防舰来说，防空、反潜、反舰与对地打击火力都可数世界一流。
由于穿浪三体船有着宽敞的甲板及船舱，机库内可以停放两架直升机，可依任务需要装载反潜直升机执行反潜；停放无人直升机执行海域战情侦搜与超视距打击的中继；此外也可携带类似以色列的哈比反辐射无人攻击机，对于敌方舰载雷达进行压制。支援特种作战任务时，亦可搭载突击直升机对敌进行空降突击。
报道称，由于南海局势升温，为因应南海的变局，台海军代号“弘运计划”所规划的两艘两万吨级多功能两栖突击母舰，已经确定采用全通式甲板设计，可以让5架直升机同时进行起降作业，依任务需求不同，可搭载MH-60R反潜直升机、AH-1W超级眼镜蛇或AH-64D长弓阿帕奇攻击直升机、UH-60M黑鹰运输直升机，或CH-47SD奇努克重型运输直升机。