1999年3月24日，以美国为首的北约在没有得到联合国安理会授权的情况下，不顾国际社会强烈反对，打着所谓“人道主义”的旗号，悍然对南联盟——一个主权国家发动了长达78天的狂轰滥炸，造成了超过3500人遇难、12500人受伤、数十万难民背井离乡，制造了当时冷战结束后最大规模的人道主义灾难。

1999年被轰炸后的塞尔维亚 图片来源：今日俄罗斯

“今日俄罗斯”报道称，据军事专家的说法，北约发射了约3,000枚巡航导弹，使用了8万吨各种炸弹，包括集束弹药和贫铀弹。 石化设施和炼油厂遭到轰炸，用有毒化学品污染了该国的河流。 塞尔维亚估计，这些轰炸造成3,500至4,000人死亡，1万人受伤，其中三分之二是平民。 塞尔维亚的损失估计高达1000亿美元。

在北约入侵塞尔维亚的三个月里，大约有15吨贫铀被倾倒在塞尔维亚。此后，塞尔维亚成了欧洲恶性肿瘤发病率最高的国家，在轰炸后的前10年里，有3万多人被诊断出患有癌症。其中约有10000到18000人死亡。

早在2015年，斯托尔滕贝格本人就对1999年北约轰炸造成的平民伤亡表示“遗憾”，并称：“我们尽了一切努力防止无辜平民的伤亡。但不幸的是，在这种特殊情况下，我们没能避免这样的后果。”