同样重要的是菲律宾给日本带来机会。杜特尔特非常敬重日本，他每年都访问日本，称日本是“一个与众不同的朋友”。他指出：“我们的友谊是特殊的，价值不可估量。”日本长期以来一直是菲律宾的关键投资者、出口目的地和援助来源。日本修建或资助了菲律宾国内的大部分基础设施。杜特尔特在担任达沃市市长期间与日本企业建立了密切关系，并与日本首相安倍晋三建立了特殊关系。安倍是杜特尔特就任总统后首位访问菲律宾的外国领导人，他还到杜特尔特在达沃的家中做客。
尤其重要的是，菲日两国安全关系越来越强韧。在安倍的领导下，日本已经成为一个重要的安全伙伴。自2017年以来，日本参加了一年一度的菲律宾-美国“肩并肩”联合军演。日本不可能取代美国成为菲律宾的安全伙伴，但它可以发挥越来越重要的作用。