然而，联合国的调查却很难尽快得出明确的结论。首先是化武指控事发地依然是激烈交战区，武装冲突难以停歇，给调查取证工作带来很大困难。
第二，正如美国国务卿克里所说，这次化武袭击指控如若存在，幕后策划者和施袭者一定千方百计尽快毁灭相关证据，令联合国调查难以进行。
但特别值得一提的是，克里全力指责叙政府军攻击事发地意图毁灭证据，但他有意忽略反对派武装也同样在进行攻击，那么反对派的攻击是否也可以理解为“欲盖弥彰”呢？
因此，联合国最后的调查结果可能是非常模糊的，只能是确认“叙利亚境内有化学武器的使用”，很可能仍无法确定究竟是反对派还是政府军为施袭者。届时西方国家却可以偷偷加注“联合国确认”的标签，期待着将军事打击叙利亚政府军的口实彻底“做实”。
联合国叙利亚化武调查组早有前车之鉴，那就是联合国核查团在2003年伊拉克战争爆发前对伊拉克大规模杀伤性武器(WMD)的调查。尽管当时的联合国“监测、核查和视察委员会”执行主席布列克斯对此问题提出不同意见，对美国认定萨达姆政权拥有WMD表示质疑，但美国仍主导发动了对伊拉克的单边军事行动。