但也有不少科学家对中国散裂中子源的位置表示担忧，称东莞缺乏相关服务和基础设施，比如缺少有影响力的学校和大学，而恰恰是这些完善的基础设施会吸引顶尖的科学家及其家属搬到那里。一位熟悉该设施、不愿透露姓名的研究人员表示：“我相信中国散裂中子源也受到东莞本身缺乏一线科学家的困扰。很多中子发生器的潜在用户也表示出一些担忧，尽管该设施能够容纳20台仪器，但今年只有3台仪器能调试结束。”

但是更多的仪器已经在建造之中。 深圳政府资助的两个仪器预计将在2019年底前完工，其中一项旨在模拟地球核心等高压环境。华盛顿特区卡内基科学研究所地球物理学家毛河光期待用它来模拟高压条件从而测试新材料的性能。 毛河光指出：“中国散裂中子源的仪器将是地球，环境和能源科学以及物理，化学和材料科学的重要资产。对此我非常兴奋，整个中子社区也非常兴奋”。