最后，印度一直对中巴之间的密切合作忧虑重重，印度认为，中巴的密切关系将会削弱其对巴基斯坦的战略优势，改变南亚次大陆的地缘政治。中巴铁路如果建成，中国与巴基斯坦的联系将更加紧密，这是印度所不愿意看到的。并且，中巴铁路将通过充满争议的克什米尔地区，印度对此极为敏感。此前印度一直指责中国派遣军队进入克什米尔地区。
印度认为，如果中巴铁路建成，中国就获取了直接通往巴控克什米尔的通道，这将为中国干涉克什米尔事务提供极大便利，虽然中国干涉克什米尔事务的可能性极小。此外，印度还认为，中巴铁路的建成将会使中国在印度洋获取出海口，从而形成中巴在印度西海岸对印度的合围之势。
正是出于这些考虑，虽然巴基斯坦一直积极游说中国建设中巴铁路，但中国的公开表态一直很谨慎。但目前的形势已经逼迫中国不得不认真考虑建设中巴铁路的重要战略意义，尤其是在中国已经接手瓜达尔港的情形下。如果不建设中巴铁路，瓜达尔港只能成为摆设，无法发挥其重要战略价值。