谈判是一个双方寻找利益“最大公约数”的过程，如果本着负责任的态度，谈判的进度可以缓进，甚至暂时中止，但杜特尔特直接下令完全终止，有谈判本身没有得利的考量，更多的是受到中菲关系发展大局的影响，因为杜特尔特执政的最后一年，中菲关系确实没能更进一步，尤其事关南海问题。
菲国内大选结束后，南海问题频频成为中菲关系的“爆点”，菲候任总统小马科斯胜选后首次谈及南海问题，就强硬地表示，不允许菲律宾的权利被践踏分毫，声称维护“南海仲裁案”，向中方索要南海领土主权。随后，菲律宾拿出了实际行动，重开废弃多年的苏比克湾海空基地，并在该基地部署军舰，放言将邀请美军共同驻扎。这还不算完，5月底，菲方又拿南海捕鱼禁令说事，指责中方的政策和行动，“侵犯”了菲律宾的海洋管辖权和菲渔民的捕鱼权。
针对菲方干扰南海和平与稳定的行为，中方运用多种手段进行回应。比如，多次在南海有关海域进行大规模军演，外交部搬出国际法驳斥菲方的无端指责，菲方没有在南海问题上占到任何便宜。
此次菲方终止南海能源开发谈判决定，不会对中方造成实质性影响，反而会损害菲方利益，毕竟在油气资源开采上，菲方的技术能力远达不到要求，无力独立进行开采。6月22日，中国防长魏凤和在参加中国-东盟国防部长会议时，重申了中方对南海问题的态度，呼吁各方排除干扰，坚持“双轨思路”，共同将南海建设成和平、友谊、合作之海。