关于南海主权问题，不得不提到菲方近期在该问题上的糟糕表现。此前多次呼吁中方开展油气开发谈判后，菲方仍在南海地区制造不和谐插曲。比较典型的例子就是，中方海警船合理取回中国火箭残骸，却遭菲方倒打一耙，说成运用“武力”，从菲军手中夺走海上漂浮物。菲政府非但不为事件降温，还火上浇油，公开进行外交抗议，并向中方发外交照会。另外，美国副总统哈里斯访问菲律宾期间，菲方主动邀请其赴南海争议岛屿附近地区视察，并得到美方共同防御的坚定承诺，大有借美方之威，向中方施压的意味。
马科斯曾在会见我外长王毅时，向中方承诺，南海问题不是中菲关系的主流，不应该限制和妨碍双方合作。后来菲方却在涉及南海主权的问题上，主动挑事，制造矛盾，而且在事情没有解决的情况下，又呼吁与中方合作，态度变化之快，令人难以捉摸。
中方在南海能源共同开发问题上的立场是一贯的，明确的。中方认为，两国合作要在不影响各自涉海立场主张的前提下进行，那就需要先妥善处理海上分歧。在此之后，以两国政府签署的相关文件为框架，积极开展谈判，争取早日迈出实质性步伐，真正造福两国和两国人民。菲方想要合作，就要拿出诚意，不要在南海问题上添乱，否则可能会一无所获。