当然虽然巴方拒绝了FC-31，但是FC-31还在继续升级，到2020年，FC-31已经迎来了全新的3.0先进版本，这款FC-31相比前面的两款FC-31有着质的飞越.FC-31 3.0在空气动力结构和隐身外形等方面做了一些比较大的变动，使飞机的隐身性能又上了一个新台阶。而且在座舱安装了先进的HUD大屏显、新航电以及最先进的EOTS系统，在信息化技术水平方面和美国的F-35不相上下。机头换装了新型的远程有源相控阵雷达，综合性能可媲美美国F-35的APG81有源相控阵雷达，内置弹仓可以安装4枚外贸的SD-10A闪电空空导弹或者PL-15E远程空空导弹，具有100千米以外隐蔽猎杀敌方预警机、大型运输机的能力。更让人感到惊喜的则是后续FC-31 3.0可将换装大推力的国产WS19发动机，这种发动机的性能已经完全的超越了俄制RD93和WS13发动机，两台发动机加起来提供的推力已经超过了美国的F-35的F135发动机，在机动性上FC-31则完成了一次对F-35弯道超车。
据称就是在FC-31的先进版本上，沈飞开发出来了海军航空兵专用的歼-35战斗机，这种战斗机完全脱胎于FC-31战机，其综合性能相比F-35可谓是不相上下。歼-35战机已经于去年成功地进行了首飞，将来必将服役于中国新型航空母舰上，届时中国海军将成为继美国后第二个装备隐形舰载战斗机的国家。不知道巴基斯坦会不会后悔没有早点购买中国的FC-31改版战机。
不过印度对此感到非常的担忧，因为现在FC-31的作战能力已经升级到了顶点，具有强大的对地对空能力，而且还是隐身战斗机，价格相对美国的F-35便宜不少，后续有望被巴基斯坦采购。