但是美国并没有像很多人猜测的那样用F-35C全部取代超级大黄蜂，从目前的部署情况来看，参与部署F-35C的“尼米兹”级航母“卡尔文森”号和“林肯”号各自只搭载了区区12架F-35C。美军航母的舰载战斗机主力依然是非隐身的超级大黄蜂。
出现这样的情况并不是因为价格原因，也不是F-35C的性能不够优异。而是因为美军第二代隐身战机的隐身涂层依然无法抵抗高温/低温、高湿、高盐的腐蚀的海洋环境。在海上部署了大约六个月之后，“卡尔文森”号航母的F-35C的隐身涂层出现了严重的氧化和腐蚀。不仅严重影响了其隐身性能，也进一步加重了其维护保养的工作量，需要花费更多的时间来维护。
美国空军第388维护中队的弗朗西斯·安妮特中士曾经在新闻稿中描绘了F-35A的隐身涂层维护工作：“维护F-35A的吸波涂层是一项对细节要求非常高的工作，有时甚至可以用繁琐来形容。先要花费时间调配出复杂的化学品，然后对涂层的每个细节进行精准修补。紧接着还要花费大量时间将涂层处理平滑（因为涂层的平滑程度对隐形效果影响巨大）。”而作为舰载机，F-35C长期身处更为恶劣的海洋环境，其隐身涂层维护的工作量无疑要比F-35A更为繁重，这意味着F-35C的出动效率无法与非隐身的超级大黄蜂相比。
此外，虽然洛马公司声称F-35C的隐身涂层维护不再需要专门的恒温恒湿隔间，但是相关的专门设施依然要占据大量的机库空间。这意味着如果“尼米兹”级航母把舰载战斗机全部换成F-35C，那么其舰载机数量将会缩水。出动效率不高、舰载机数量还缩水，很难说全部换成F-35C后，“尼米兹”级航母的战斗力是提升了还是下降了。