南北人群在9500年前开始分化，分化痕迹很明显。之后，经历了一千多年的南北对峙，两大人群开始逐渐融合。8300年前南北人群的文化交流增加，不同部族的血缘开始产生交融。
那么在二三万年前的中国又是怎样的？
那个时候已经有少量的新亚洲人在此居住了，而在新亚洲之前还有一批老亚洲人，老亚洲人四五万年前就出现在中国大陆，他们为了繁衍后代，和尼安德特人、丹尼索瓦人发生了基因交流。后来，老亚洲人在竞争之中，落败于新亚洲人。
老亚洲人可以说是在中国最早的土著，他们主要Y染色体类型是C、D，虽然他们不是中国人的主要祖先，但却是次要祖先。老亚洲人并没有灭绝，他们是现代人类的祖先之一，但不是现代中国人的主要祖先。
发生在夏朝之前的大融合
传说中的夏朝诞生于4100-4000年前。也就是说，刚好在夏朝诞生的前夜，南北经历了一场大融合。按照付巧妹的说法，南方在距今4800-4200年前的时间段内，与北方发生了双向的基因联系，简单来说就是有南方的基因到了北方，北方的到了南方。当然，北方的基因会稍微强势一些。
南方人的祖先——古福建人
最有价值的基因组，要数福建奇和洞居民的。基因实证了古福建人是南岛语系人群的祖先，南岛语系人群包括了印尼、马来西亚、菲律宾等。一批古福建人渡海南下，到了台湾居住。之后和翁奇人融合的古福建人后裔，又重新回到大陆。古福建人南渡台湾，也是发生在夏朝诞生之前。台湾汉本遗址的居民身上，发现了14%的Onge基因。Onge即翁奇人，代表着一种类安达曼人的常染色体基因，他们高频分布在现代的安达曼岛土著身上。古福建人南渡后和台湾翁奇人发生了友好的融合，而不是驱逐翁奇人。
▲亮岛人复原图
“万世一系”的北方祖先——古山东人
如果南方以古福建人为样本，那北方则以古山东人为样本。付巧妹发现，携带古北方人血统比例最高的是山东人。山东人的血统几乎是“万世一系”的，没有发生过替换。山东人在新石器时期之前，被称为古东夷人。他们曾经和一支南下的高加索白人，发生过基因交流。山东人的“人高马大”，可能和这批白人有关，然后一直固定了下来。至少到了新石器时期，山东人的主流血统就恒古不变了。
总论：
历史上族群的发展很残酷。老亚洲人先是淘汰了尼人、丹人这些智人分支，之后老亚洲人也被新亚洲人淘汰，居住在中国心腹地带的老亚洲人，都被替换掉。老亚洲人被迫躲进一些人烟稀少的地带，包括高原的西藏地区、寒冷的西伯利亚地区，只有一二成的老亚洲人幸存了下来，留在了中原、沿海地区。淘汰他们都是为了新亚洲人的生活、发展提供空间。新亚洲人是现代中国人的直系祖先，他们夺得了主要的资源地区，这些地区都是最适合人类居住的，是宜居地域。