尽管疫情期间小企业通过贷款免于大规模裁员，但企业主也付出了不小的代价。由于救助计划出台匆忙，很多规则在贷款下发后仍然不停变化，导致企业难以适应。例如，计划原先规定贷款人必须在贷款首次发放的8周内，将75%以上的资金用于工资支付，否则贷款金额不可豁免。此后规则有所改变，8周被延长至24周，且仅要求60%的资金用于工资支付。美国证券交易委员会前首席经济学家切斯特·斯派特就称，这些规定过于死板，并且造成“企业和员工关系紧张”。
美国消费者新闻与商业频道（CNBC）称，不少餐饮企业直接感受到了薪资保护计划的负面影响。许多企业主把钱基本都花在了员工身上，但从企业经营角度来说，贷款对于生意毫无帮助。例如，匹兹堡地区一位拥有三家餐厅的老板罗伯特·米勒表示，在他执行8周内用完贷款的规定到最后一周时，政府才通知8周被延长至24周，可他已经没钱了。“几周前我就用光了贷款，但营业额要比去年少了一半以上。”米勒认为，这样的经营毫无意义，相信还有上百万小企业主面临和他一样的困境。
此外，许多小企业还需承担疫情防控的额外费用，比如购买消毒用品、个人防护装备等，再加上许多商业地产也因经济压力无法免除经营者租金，导致不少小企业主面临“借债维持、不死不活”的窘境，很多人都不清楚到底是否应该贷款。即便如此，钱也不是想借就能借的。新泽西州注册会计师阿尔伯特·坎波就说，由于疫情导致大量餐饮企业倒闭，“银行放贷会比较保守”，这些企业可能很难在经济下行时期获得贷款。
薪资保护计划还在其他不少领域引发争议。比如，在不少企业“不死不活”之际，一些政府承包商在疫情期间通过为政府工作获得了不少利润，却仍旧拿到了贷款。此外，有媒体曝光部分资金流向了大企业，甚至还有私募股权巨头投资组合中的公司获得贷款，表明计划审查不够严谨。
△《华尔街日报》指出，美国航空工会希望政府继续拨款，使航空公司能够支付员工薪水
航空公司可能秋季裁员
众多小企业挣扎于破产边缘之际，美国不少大企业同样面临资金枯竭的困境。其中，《关怀法案》为美国航空业提供的250亿美元资金支持计划将于9月底到期，这是又一个可能造成严重后果的“财政坠崖”事件。
分析认为，疫情暴发期间，大量航线取消，这笔资金支持对于支付航空业薪水，避免航空公司全线裁员至关重要。对于计划到期后的前景，不少航空公司已经提前给员工打了“预防针”，请他们为10月后可能发生的裁员情况做好准备。例如，美国联合航空公司就表示，10月后可能裁掉3.6万名一线员工。