苏联将几十枚导弹和几十架飞机拆开装到集装箱里运往古巴。同时，3500名军事技术人员也陆续乘船前往。每一枚导弹都携带一个威力比在广岛的原子弹大20~30倍的核弹头。经过伪装的第一批武器于1962年7月下旬用商船运抵古巴。

在此期间，苏联在公开场合一直否认在古巴拥有任何进攻武器。赫鲁晓夫在给肯尼迪的信中表示：苏联不需要为了击败侵略，为了进行报复性打击而将自己的武器转移到其他任何国家，例如古巴。

让全世界心惊肉跳的13天开始了

但是，大量苏联船只驶向古巴这个不同寻常的现象，引起了美国情报部门的密切关注。从1962年8月起，美国一直对古巴进行空中侦察，并在8月初发现防空导弹、带导弹的海防鱼雷艇和大批军事人员，但没有发现中程导弹之类的进攻性武器，苏联也向美国承诺，支援古巴的是防御性武器。

10月14日，两架美国U-2侦察机从南向北飞过了古巴西部上空。他们拍摄了大量照片。专家们仔细地研究照片上的每一个画面。他们认出了一座发射台、许多发射弹道导弹的建筑物，一枚中程弹道导弹。正在修建射程为2000英里的中远程弹道导弹基地。而且，美国鉴定专家确信，发射装置上安装的是导弹核武器。

U-2侦察航拍，显示古巴境内有布置导弹、修筑工事等活动

16日早上，美国总统国家安全事务助理麦乔治·邦迪把这个令人震惊的消息告诉了肯尼迪。3个小时后，肯尼迪召集国务院、国防部、中情局等相关部门负责人在白宫内阁会议室举行会议，让全世界心惊肉跳的13天开始了。

参加会议的人后来被肯尼迪正式任命为国家安全委员会执行委员会（简称执委会）成员，构成了美国应对这次危机的决策核心。此后的一段时间，执委会每天都要进行两三次会议。肯尼迪对赫鲁晓夫欺骗他的行为非常恼怒，感到苏联导弹造成了严重威胁。肯尼迪决定，要使苏联明白美国不惜一战的决心。

10月22日晚7点，肯尼迪向美国和全世界发表广播讲话，通告了苏联在古巴部署核导弹的事实，宣布武装封锁古巴，要求苏联在联合国的监督下撤走已经部署在古巴的进攻性武器。

擦枪走火险些触发核战争

在肯尼迪发表讲话时，全球美军立即进入三级战备状态。172枚洲际导弹进入待发状态，战略空军司令部命令携带核弹头的183架B-47战略轰炸机疏散到国内33个民用和军事机场，约66架携带核弹头的B-52战略轰炸机升空待命。地面警戒的轰炸机数量由652架增加到912架。与此同时，美国大大加强了东南部的防御力量。22架截击机携带防空导弹在佛罗里达海岸上空待命，准备对付古巴采取的突然行动。在防空司令部历史上，所有的飞机首次携带了核武器。