所谓“同盟协调机制”，是指日美间运行的“日美联合司令部”。而设置于其内的“军军间协调所”，则是指自卫队与美军两个“军队”实际共同作战不可缺少的组织。就连《日美防卫合作指针》中都没有提到的“军军间协调所”，居然在“内部文件”中被提到。这意味着自卫队已经将自己规定为与美军并列的“军”。
军人政治或将抬头
一份只不过是日美两国政府间签订、作为防卫外交协议的“指针”文件，却被自卫队和政府视为最终且决定性的准则。这点本身就是个问题。
“内部文件”记载了就连防卫合作指针和安保相关法案都未提过的“军军间协调所”内容，这说明，统合幕僚监部并不关心宪法制约和舆论动向，只追求军事合理性。
同时，必须认识到自卫队的“文民统制”制度已经陷入瘫痪。
问题是，这等于要求把制定自卫队与美军事实上的军事作战计划纳入外交防卫政策之中，反映了统合幕僚监部试图直接参与国政根本的姿态。进一步讲，这是在要求日美军力一体化。打着“日美共同计划”名义的军事作战计划，将是由自卫队的统合幕僚监部来主持推进。这件事本身，从以文民优越为基本原理的文民统制角度看，是一个严重的问题。
“内部文件”曝光后，安倍首相及中谷元防卫大臣在国会上的发言也值得关注。尤其是安倍首相在答辩时翻脸称制作“内部文件”是“理所当然的行为”。