正如《洛杉矶时报》在1989年报道的那样，“空军在1990年做出让‘黑鸟’退役的决定是建立在多个因素基础之上的。在国会作证时，空军参谋长拉里·韦尔奇将军确认了几个因素，包括侦察卫星的抗破坏能力提高，SR-71对苏联萨姆-5地空导弹的抗击力低和SR-71机群维护费用高等。费用因素对空军来说最为重要，因为它要限制其他领域的支出。里根政府的空军部长小爱德华·C·奥尔德里奇估计，SR-71机群的使用和维护费用可以用于两个战术战斗机联队。”
实际上，相关统计显示，如果把所有辅助费用计算在内，SR-71的使用费用高达每小时20万美元。其中一部分费用源自它是一个小型特种机群这一情况。由于生产量小（32架）和独特的设计，SR-71需要大量维护。这型飞机还需要专门的后勤培训——尤其是所使用的高能值燃料，在1989年的费用是每小时1.8万美元。
SR-71使用的JP-7燃料（还必须用专门的KC-135Q加油机为其加油）是一种安全、高闪点燃料，在极端温度和压力下不会汽化和爆炸。这种燃料非常不活泼，据说一根火柴会在一滩JP-7中熄灭。可是这也意味着这种燃料难以用常规系统点燃，意味着洛克希德-马丁公司必须为SR-71发动机研发一种以三乙基硼为基础的化学点火系统——从而增加了飞机的复杂性和维护费用。