这种飞机在把塔利班赶下台的战争中起到巨大作用，这为它赢得了赏识，使得B-1机队免遭削减。在“9·11”恐怖袭击之前，时任国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德对B-1持怀疑态度，一直在督促削减该机队。
媒体对2001年秋季空袭阿富汗的行动进行了铺天盖地的报道，不过主要强调了B-52轰炸机。B-1仅被偶尔提及，但事实上，B-1和B-52执行的任务次数差不多。而在投掷的数量方面，较新的B-1实际上超过了较老的B-52，尤其是在投掷智能炸弹方面。
这种误解令迪戈加西亚的一些B-1飞行员感到困惑。托马斯有一种理论来解释事情的原委：B-52基本上是在白天飞行，而B-1主要在夜间，跟随北方联盟部队的记者们只能看到B-52并拍下它们的照片，错误地认为夜间执行轰炸的是同一款飞机。
在随后几年中，B-1成为阿富汗和伊拉克战争中近距离空中支援等打击任务的中流砥柱。而在2003年，正是一架B-1拉开了伊拉克空战的序幕。它向萨达姆·侯赛因在巴格达的一处行宫投掷了一连串炸弹（可惜他不在那里）。“我们正以之前从来没有想到的方式来使用它。”时任空军部长的詹姆斯·罗什当年晚些时候在提到B-1时说。比起B-52，B-1能够在更恶劣的天气里飞行，使用成本更低，携带的炸弹也更多。在2006年，B-1取代B-52成为阿富汗和伊拉克战争中用来支援地面部队的标准轰炸机，而较老的B-52则改为发挥传统的核威慑作用。