两名接近政府的人士说，2月25日，疾控中心高级官员南希·梅索尼尔实事求是地警告说，美国暴发新冠肺炎疫情不可避免，这一声明吓坏了股市，也与总统本人发出的疫情得到控制的信息背道而驰，因此特朗普很生气，政府官员讨论在新冠肺炎疫情期间让梅索尼尔闭嘴。
特朗普的支持者们可能会说，到目前为止，许多新冠肺炎危机都是官僚主义和组织混乱造成的。但特朗普自己的决定加剧了这种混乱。他没有像奥巴马总统2014年应对埃博拉疫情时那样授权唯一的指挥者来抗击疫情，而是建立了一套系统，至少有三个人——阿扎、副总统彭斯和新冠肺炎疫情特别工作组协调员黛比·伯克斯——对此负责。与特别工作组打过交道的人说，不清楚伯克斯的角色是什么，发给她的新冠肺炎相关问题已转给副总统办公室。
彭斯办公室回应说，它已将伯克斯定位为副总统的“得力助手”，为他提供应对疫情的建议，而阿扎则继续负责卫生部门大量的抗击新冠肺炎疫情的工作。
特朗普6日晚还改组了白宫的人员配置，将白宫办公厅代理主任米克·马尔瓦尼撤下，换上他的长期盟友马克·梅多斯。外界期待已久的马尔瓦尼下台在卫生部等部门受到欢迎，因为马尔瓦尼一直是阿扎的主要批评者之一。不过，一名现任官员和两名前官员说，新冠肺炎疫情期间突然进行人事调整给政府应对疫情带来更多不确定性。
特朗普不可预测的要求和对公开声明的关注——以及他本人经不住奉承——造就了一个政府高官人人自危的氛围，他们担心总统的下一条推文将决定他们的职业前程，并且感到不安的是他们需要经常博得他的青睐。卫生部长阿扎就是一个典型的例子，卫生部其他官员也竞相效仿。
卫生部官员还不得不谨言慎行，担心总统会盯上错误的数据或在公开场合突然说出会造成严重影响的信息。与此同时，特朗普的政治盟友还试图绕过政策程序，这也让应接不暇的卫生部感到头疼。
卫生部内部以及部长阿扎与白宫官员之间也存在矛盾。在应对疫情的过程中，随着阿扎与白宫国内政策委员会主席乔·格罗根等长期竞争对手就抗击疫情的资金以及是否进行足够的病毒检测发生冲突，硝烟再起。
由于特朗普不愿意——或无力——制止卫生部的争斗，这在相对太平的时期就困扰着华盛顿。官员们说，在抗击潜在的大流行病战争中，容不下这些干扰因素。
一名前卫生部官员说：“如果这种功能紊乱成为日常工作的一部分——那么，在真正的危机中，这些问题将会放大加剧。这将带来极为恶劣的后果。”