“秋月”级驱逐舰装备1座32单元MK41型导弹垂直发射系统，可发射“改进型海麻雀”舰空导弹，备弹64枚。该型导弹采用的是“指令+中继惯导+末段半主动雷达”的复合制导方式，由于FCS-3A工作在C波段，不能提供末段雷达照射，“秋月”级驱逐舰增加一个X波段雷达阵面。FCS-3A有源相控阵雷达和“改进型海麻雀”的组合，使得“秋月”级驱逐舰具备既能“单舰防空”，又能参与“舰队防空”，为僚舰提供防护。该舰还装备2座20毫米口径的“密集阵”近防系统，可拦截近程导弹、火箭弹和低空飞行的固定翼飞机。
反舰系统
“秋月”级驱逐舰装备1部OPS-20C型对海搜索雷达和2座四联装90式(SSM-1B)反舰导弹发射装置。90式反舰导弹发射装置是88式(SSM-1)发射装置的舰用型，导弹长5.1米，直径0.35米，发射重量660千克，装备高爆穿透弹头，采用“惯性+雷达+末端红外成像”制导方式，有效射程150-200千米。90式反舰导弹是日本自行研制的第二代舰对舰导弹，舰上备弹8枚，外形与美制“鱼叉”反舰导弹相似，具备扇面发射能力，可对20千米处的水面目标进行锁定，导弹巡航时的飞行高度为30米，在接近目标前会下降到5-6米，在距离目标3千米时先突然跃升再俯冲攻击。
“秋月”级驱逐舰还装备1门MK45型127毫米口径舰炮，该炮射速每分钟16-20发，射程24千米。