其实，不光刘清宇找不到北，水声论证到底应该怎么搞，研究室的发展方向在哪里等一系列的问题正在困扰着整个团队。而且，整个研究室一年科研经费只有10万元左右，科研手段和基础也非常薄弱，许多人都在考虑转业。
面对这种窘境，不安分的他申请到当时部队下属企业工作，并一连获得了4个发明专利，比如声学诱鱼器、隔声窗帘等。1994年，某地方企业给刘清宇开出了3000元底薪+提成的优厚条件。要知道，当时他每个月工资才100多元钱。
然而，刘清宇却谢绝了，“那一刻，我突然觉得，这样的工作不是自己想要的，自己的兴趣不在这里。我对论证这门软科学有独特的兴趣，尽管当时搞论证研究的环境条件不好，但它的社会价值不容置疑，对从业者的要求很高，极具挑战性，总有一天会彰显其自身价值。同时，从小生长在部队大院的我也舍不得这身军装。”
当时的被动声纳探测舰艇、鱼雷等，只能探测方向，当目标多了，往往就难以区分各目标，这是一个重要的技术难题。
1996年，一次从天津回来的路上，28岁的刘清宇边看车窗外的风景，一边思考问题。他看到当车辆相向而行交错而过的场景，听着车辆由近而远过程中声音发生的变化，一个解决问题的点子蹦了出来，他自己兴奋得也差点蹦了起来。一回到单位，他就向老主任阎福旺申请科研课题。
可没想到，一向很看重他的主任却不太赞成这个想法，“很多著名专家都在想方设法解决这一技术问题，你这个想法缺乏理论基础。”
资料图：解放军海军核潜艇快速下潜。
他据理力争，“条例规定，工程师有独立开题的权力，我要试试这条路。”
“你是我见过的第一个拿条例压领导的人。”阎福旺笑了。
于是，他获得了一次研究机会，科研经费6万元。随后的几年里，刘清宇和当时还是普通工程师的现研究院总工凌青带领科研人员，很好的解决了这个技术难题。根据他提出的原理，研制出了新型声纳处理装置，显著提高了被动声纳多目标方位分辨力，研究成果获得了国家科技进步二等奖。