但是，在文在寅执政之后，日韩关系的框架出现了“政经合一”的趋势，不断恶化。表面上看“恶化”是在文在寅时期发生的，但是显然有历史必然性。
韩国虽然获得了独立，但是日本殖民韩国多年，在韩国的政府、经济组织、阶层关系及地域关系里，都留下了很多负资产。清理这些负资产就必然成为韩国民主运动的主要内容。而朴正熙政府恢复韩日邦交，自然是要压制这些矛盾。当韩国结束军人政权，进入“民选”政府时代后，这些问题必然会被提出来。历史问题不解决清楚，韩国的政治、经济发展都会陷入瓶颈。
而点燃导火索的恰恰是日本自己。上世纪末以来，日本右翼知识界就着力发展相关理论叙述，宣称强征慰安妇问题是中国和韩国要“离间美日同盟”的阴谋，因而要在欧美国家与中韩打“舆论战”。日本还将此命名为“历史战”。到2013年安倍晋三第二次组阁，“历史战”也进入了日本对外政策。
2015年12月28日，在美国的压力下，朴槿惠政府与日本签署《韩日慰安妇协议》，称双方就“慰安妇”问题达成“最终、不可逆转的一致”，日本向韩国政府主导的“和解与治愈基金会”出资10亿日元（约6000万人民币），日方还强调这是“人道主义”的“治愈金”，而不是法律意义上的“赔偿金”，并由此要求韩国不得再追诉甚至不得批判“强征慰安妇”问题。
2017年，韩国首尔市在5辆151路公交车上安装了“慰安妇”少女像。设计者称，希望以这样的方式提醒民众勿忘历史。
这个日本维持“高一等”姿态的协议，自然成为朴槿惠政府终结的原因之一。而作为后任的总统，即使在军政后的“民选”总统中，文在寅的“进步斗士”形象也是最突出的，这也就使得他必须要直接回应日本的政治态度。
2017年5月一上任，文在寅即告知日本，《韩日慰安妇协议》没有获得大多数韩国民众接受。2018年11月，韩国女性家庭部宣布解散“和解与治愈基金会”，该协议实际中止。同年10月30日、11月29日，韩国最高法院对日本新日铁住金（前新日本制铁）公司和三菱重工在殖民时期强征朝鲜劳工案，做出终审判决，勒令被告向每位受害者原告分别赔偿1亿韩元（约合8.5万美元）和8000万韩元（约合6.8万美元）。
日本政府大怒，安倍政府坚称1965年签订的《韩日请求权协定》——签署者也正好是安倍晋三的叔祖父佐藤荣作——已经“完全、最终”地解决了征用权问题，称韩国“违背了国际法”。根据这个协定，日本向韩国提供总计5亿美元（含3亿美元无偿援助和2亿美元贷款）的经济援助，日本政府认为这包含对强征劳工的赔偿。而韩国方面则认为，协定并未涵盖受害者与遗属的个人请偿权。