第二次鸦片战争期间，沙俄与英法相互勾结，先后和清政府签订《中俄天津条约》及《中俄北京条约》。名义上，沙俄是为了帮助清朝缓和，它们与英法之间的关系；实际上，就是为了侵占领土，获取占据中国领土的合法依据。1864年 10月 7日，清政府又被迫和沙俄签订了《中国勘分西北界约记》等条约。后来两国又签订了《塔尔巴哈台界约》等不平等条约。至此，清朝已经在西北地区，丢失了44万多平方公里的土地。
至关重要的帕米尔地区，就是这样暴露在了沙俄的面前。当时的清朝，正忙于稳定自己的沿海地区，而这就给了英俄可乘之机。直到1917年沙俄帝国解体之前，它们对于帕米尔地区的渗透与控制都丝毫没有停止过。通过控制贸易、税收和武装侵略等手段，帕米尔地区的北部实际落入到了沙俄手里。
等到了苏俄时期，它们顺理成章的继承了沙俄控制的区域。同时，坚决不承认中国对于帕米尔地区的控制权。而日后中国和塔吉克斯坦约2.8万平方公里的争议地区，也是在这一时期遗留下来的。所以这块领土的争议，最初是中国和苏联之间的问题。只是在苏联时期，没有办法得到合理解决。