1989年，本来中苏之间已经基本达成了，解决争议领土的共识。但随着苏联的轰然倒塌，中国和他们的争议领土，就变成了中国和其它北方邻居之间的问题。偏偏这个时候，塔吉克斯坦它爆发了内战。从1992年5月开始2000年结束，为期8年的内战，让塔吉克斯坦陷入了一片混乱。
这个独立后仅有14万平方公里的小国，实在是穷的不像样子。中国和他们在帕米尔地区2.8万平方公里的争议领土，对于他们来说实在太大了。所以要解决这样的事情，中国就不能一味逼迫。否则的话不仅道义上站不住脚，还容易破坏自己国家形象，引来其它邻居的敌视。
为了温和的解决问题，也为了建立起中国同中亚地区的友谊关系。我国从塔吉克斯坦爆发内战开始，就对他们进行了经济援助。所以塔吉克斯坦，就一直记着中国的这份情谊。从1999年开始，塔吉克斯坦在内战基本结束的情况下，开始了和中国接触的尝试。从当年八月份，中塔双方正式签署划界条约开始，到2002年5月27日签署补充协定结束。我国成功收回了大约1000平方千米的领土，其余部分均继续由塔吉克斯坦保留。
作为最晚和我国签署划界协定的中亚国家，塔吉克斯坦的配合态度，为我国日后同中亚开展合作，构建了一道桥梁。而我国将塔吉克斯坦的实际控制区，正式交付给他们，