到了3月19日，随着疫情在世界各地的快速发展，美国海军也意识到这种病毒一旦在航母上爆发的严重后果，为应对舰上可能出现的疫情，美国海军前沿部署的医学防护部队和海军医疗研究中心的成员在这一天也登上了“罗斯福”号航母，携带多种专业检测装备登舰，这些设备包括FilmArray测试仪、ABI一站式RT-PCR检测机，都可以用于新型冠状病毒的快速检测。这意味着，一旦航母上的水兵出现感染症状，就可以立即在舰上进行检测，而无需将其送到岸上。
这支防疫“特种部队”刚上航母就马不停蹄地搭建临时实验室、临时隔离区，开展对所有舰员进行检测的工作。随后在3月24日，美国媒体曝出“罗斯福”号上3人确诊，这是美军航母首次出现新冠肺炎确诊病例，也是美军首次在执行部署任务的军舰上发现病毒检测阳性的病例。
不过就在被曝出首次确诊病例的当天，“罗斯福”号航母依然十分活跃，与“美利坚”号两栖攻击舰、“蓝岭”号两栖指挥舰、“绿湾”号和“日耳曼城”号两栖船坞登陆舰等共6艘美国第七舰队主力战舰再次在菲律宾海上举行编队航行训练，在海上“秀肌肉”。
从“罗斯福”号以上的活动轨迹来看，最大可能出现的感染源就是在访问越南期间。而且从时间点上来看，在3月10日结束越南访问后到3月24日两周时间出现确诊病例，也有一定吻合。不过也不能排除“罗斯福”号航母通过其他途径引入病毒的可能，在与美国其他军舰进行联合演练以及海上补给期间，“罗斯福”号与其他美军舰船也可能有人员往来。而且在海上航行的航母也不是完全孤立，航母上的C-2运输机能够很方便地在航母和陆地间运送人员，包括准备休假和休假归来的航母舰员。
目前“罗斯福”号已经通过舰载直升机将多名感染水兵运送到关岛基地的医疗机构进行隔离和治疗，不过这也引发了基地内人员的担忧。部署在关岛海军基地的一些美军人员，已经被命令将一些基地设施改造成临时的隔离所，以便从已爆发新冠病毒疫情的“罗斯福”号航母上，收容其部分舰员。在《野兽日报》26日的报道中，一位参与隔离设施建设的美军士兵坦言，一些部队担心他们会被来自“罗斯福”号航母的舰员传染新冠病毒。这位美国军人补充说：“我们完了。”