战略核潜艇是以搭载潜射远程或洲际弹道导弹，执行战略打击任务为主的核潜艇；攻击型核潜艇是以反舰/反潜鱼雷、潜射反舰导弹、对地攻击巡航导弹、水雷为主要武器，执行战役和战术任务的核潜艇。
对一个国家来说，战略核潜艇的重要性远远大于攻击型核潜艇，因为其搭载的潜射远程或洲际导弹，射程普遍在5000千米以上，均携带核弹头，能够对敌方陆上任何战略目标，如重要城市、工业基地、交通枢纽等实施毁灭性打击。而且战略核潜艇藏于水下，借助厚厚的海水掩护，很难被敌方发现，具有极高的生存能力。因此，战略核潜艇是最可靠的战略威慑力量来源。由于战略核潜艇具有毁灭能力，国外经常称其为“末日武器”。
俄罗斯“北风之神”级战略核潜艇
美国海军“俄亥俄”级战略核潜艇
现代战略核潜艇大都装16枚潜射导弹。这是经过精心计算的，既是为了防止把太多鸡蛋放在一个篮子里，万一遭到攻击而导致战略威慑力大减，也是为了防止装弹太少而导致战略威慑力不足。美国的“俄亥俄”级战略核潜艇上虽然有24个导弹发射筒，但通常不会填满导弹，而是装20枚最大射程12000千米的“三叉戟”ⅡD5潜射洲际导弹。
美国海军“弗吉尼亚”级攻击型核潜艇
攻击型核潜艇主要打击敌方海上目标，包括水面舰船、潜艇。虽然它也能发射常规对陆攻击巡航导弹，打击敌方纵深地区的高价值目标，但携带数量不多，每一枚导弹的威力也不如远程弹道导弹。例如美国“洛杉矶”级后期型、“弗吉尼亚”级攻击型核潜艇，都只有8具“战斧”巡航导弹发射筒，一次投射的导弹数量不足以压制一个机场。
但攻击型核潜艇有一个重要任务，是打击敌方战略核潜艇。尤其是美国海军，攻击型核潜艇数量众多，能够采用盯梢战术，即平常以“一对一”的方式，让己方的一艘攻击型核潜艇专门盯住敌方的一艘战略核潜艇，在战时进行攻击，以消除对美国的战略威胁。除此之外，攻击型核潜艇还可以为航母提供水下护航、搜集情报。