与此类似的是，国内在冷战期间建造的033、035系列潜艇，技术原型也如同051驱逐舰一样是苏联提供，在90年代已明显落后。因此，海军也如同发展052的模式一样，开启了国产新一代039型潜艇的建造工作，由701所作为主设计单位，第一艘039在1992年开工建造，于1994年下水，并最终在1996年服役。
▲第一代051型驱逐舰已全部退役
就日后来看，039由于技术跨度过大，与第一艘052型“112”哈尔滨舰一样，在服役后由于技术并不完善，使得实际战斗力大打折扣。尤其是阶梯状的指挥台外壳设计，对其性能造成了很大影响，因此039基础型仅建造1艘就告一段落。海军在其基础上，搭载一系列国产化设备，建造了被称为039G的改进型号。两者的关系，有点类似052型驱逐舰，第一艘“112”哈尔滨舰，与第二艘“113”青岛舰的关系。也就是表面综合性能没有太大区别，但后者将前者身上的一系列不成熟设备，改进到成熟可用状态，实际的战斗力有非常大的提升。
▲039G潜艇模型
事实上，国内也正是在039和039G的建造过程中，逐渐摸索到第二代常规潜艇的建造技术。此外，由于海军在这期间面临较大的军事压力，因此先后从俄罗斯引进了12艘“基洛”级常规动力潜艇，在其使用过程中，掌握了大量来自俄罗斯的先进技术。于是，海军最终在039G的建造，以及“基洛”级的使用经验基础上，开始了新一代039A的量产工作，其首艇在2004年成功下水。
▲通过半潜船运到中国的“基洛”级潜艇
039A与039G的关系，有点类似052型“113”青岛舰与052B的关系，尤其是在039A上第一次出现的外部消声瓦，与俄罗斯“基洛”级有明显的技术继承，并且确实在很大程度上降低了039A的噪声，与052B搭载的中程舰空导弹技术来源，是俄罗斯“现代”级驱逐舰，有异曲同工之妙。一般来说，039A被外界视为我国基本消化了“基洛”级潜艇核心技术，开始应用在国产先进潜艇上的典型标志。在这之后，由于039A的技术性能比较成熟，并且性能相当优秀，因此迅速在海军中服役。而在进入2010年之后，得益于国产军事工业的全面发展，海军也在039A的基础上进一步优化，发展出了被称为039B的改进型号。