，应该存在着过渡性细菌，科学家将之称为“靛蓝菌”（尽管到目前为止，他们尚未发现靛蓝菌）。

争论还将继续

对罗伯特的逐步演化假说，一些科学家提出了质疑：如此简单的事件，为什么花了10亿年才出现？

英国伦敦大学的约翰·艾伦就是质疑者之一。他也认同罗伯特的观点，认为Ⅰ型反应中心最先开始演化。但在此之后，他的看法就与罗伯特截然不同了。他认为，光合细菌在其发展早期肯定遭遇了某种基因方面的故障，从而复制了一整套形成Ⅰ型反应中心的基因；多出来的这一反应中心，可任意发挥不同的作用，并逐步形成了循环使用电子的能力，即演化为最初的II型反应中心。艾伦推测，具备两个不同的反应中心，使得早期蓝藻在各种不同环境中开始繁衍兴盛起来。当环境中的硫化氢比较充裕时，它们使用Ⅰ型反应中心；当环境中的硫化氢不足时，它们则使用Ⅱ型反应中心，循环利用已经得到的电子。

直到某一天，一个意想不到的灾难降临了：一些早期蓝藻偶然漂进了一处富含锰却缺少硫化氢的浅水海域。这些细菌适时启用了Ⅱ型反应中心。然而，在这样的浅水海域中，存在着大量电子（当紫外线照射锰时，锰会释放出电子），这些电子很快便给早期蓝藻的Ⅱ型反应中心造成了“拥堵”——虽然锰离子会和水反应生成氧化锰，但周围环境中仍然存在大量的锰，继续产生过量的电子——并导致了这些早期蓝藻的死亡。

不过，有一个幸运儿存活了下来。艾伦假设，这是因为基因突变使得同一时间只能开启一个反应中心的“开关”坏掉了。当两个反应中心同时运作时，锰产生的电子在流经Ⅱ型反应中心后被Ⅰ型反应中心及时吸走，这样“拥堵”问题就解决了。换言之，两种反应中心开始同步工作，就像今天的蓝藻一样。