2000年以后，服务业占GDP比重在一半以上，成为工业体系中占比最高的部门，但以依附于农产品的批发和零售等低端服务为主，占GDP比例约五分之一。2012 年巴基斯坦人均GDP排在世界第163位，属于中低收入国家。
巴基斯坦经济增长长期呈波动发展，因而总体进步不大，主要原因是：
首先，政权更替过于频繁。巴基斯坦政权的频繁更替给该国经济的长期持续发展带来了一系列问题，成为其经济波动增长的主要原因。
巴基斯坦军事政变
20 世纪 70 年代以来，平均每隔 10 年便发生一次军事政变，当军政府上台时，因政策较为稳定，经济发展较快；民选政府每3 年便发生一次更迭，因各执政党执政理念不同，发展政策极不稳定，由此经济发展就出现大起大落。
在政权更迭期间，还会出现大规模暴力事件，出现党派重大冲突，甚至于领导人遇刺事件，往往让国内及国际人民对巴基斯坦经济发展充满担忧，影响商人投资信心，破坏经济持续增长环境。
2007 年，为参加大选回国的巴基斯坦前总理贝布托遇刺身亡，导致发生全国性骚乱，其规模极为巨大，覆盖面极广，所造成的损失达到当年全国GDP的8%。
其次，现有产业结构抗风险能力差。巴基斯坦国土多位于干旱、半干旱地区，部分甚至在超干旱区域，只有沿喜马拉雅山一带气候较为湿润。
并且其境内的河流多出于印度，用水多受制于老对头之手，加之灌溉设施较为落后，因而其农业生产经常受到不同程度的干旱、洪涝的影响。
巴基斯坦农业
农业是巴基斯坦的支柱产业，当农作物受到破坏时，与农业相关的加工业和第三产业也会受到影响。
1993年巴基斯坦因洪涝导致农业产出大幅下降，当年农业增长率-5.3%，而GDP增长率为1.8%。1997 年的农业增长率为0.1%，GDP增长率为1%。到2001年，农业增长率-2.1%，GDP增长率为2% 。
巴基斯坦农业增长率显著地影响着工业和服务业的增长率，其中农业增长率每增加一个百分点，工业增加值将增加 4.77个百分点，服务业增加值将增加4.32个百分点。