医改后，国内全面取消药品加成，医院不能再直接获得批零差价收益，如何获得返利？朱恒鹏根据他的调研得出的结论是，医院依然可以通过对处方权的控制，通过间接方式暗箱操作获得卖药收益，如强制收取企业履约保证金、积欠货款形成利息收益等。
不过北京大学人民医院一位教授说：“大多数医生不会为了利益去故意开贵药，更多是考虑患者的情况。”他解释，虽然分子式相同，但国产药因制备工艺问题常常达不到原研药的同等效果，尤其是在杂质控制等方面。而杂质控制不好，副作用就高。所以在原研药不是特别贵的情况下，医生更愿意使用原研药。另外，在一些特殊剂型如缓控释制剂，医生也愿意用原研药，因为原研药的释药曲线更平稳，用在患者身上不会出现指标忽高忽低的情况。
按理说，根据“一品两规”原则，即使喜欢高价药，医院也要有仿制药的位置。然而现实中令药企头疼的是，很多省份的医院多年不开药事会，无法启动药品采购。一个例子是，2017年2月，由齐鲁制药研发生产的国产仿制药伊瑞可宣布上市。在拿到药品批准文号不久，伊瑞可通过了仿制药质量一致性评价，这意味着其与原研药质量相当、疗效一致。但苦于大部分医院不开药事会，实行药品采购，所以，药品不能快速地进入医院体系。
药占比的逆效应
在业内人士看来，仿制药被“嫌弃”，药占比也是不可忽视的因素。
2018年1月，某医院的一张处方购药申请表在朋友圈流传，这份申请表中医生发起的处方购药使用申请流程被药剂科评估退回，并建议使用进口吉非替尼，原因是进口药不占药占比。“有可能是真的，现在不管哪个医院都有药占比的指标压力。”万先生说。记者求证多家医院工作者发现确实如此。
药占比，指药品费用在医疗机构收入中的比重。2009年新医改启动，改革初期“药占比”主要作为常规统计和监测指标。原卫生计生委监测数据显示：2010年我国公立医院门诊药占比约60%，住院药占比45% 。
2017年9月30日，公立医院综合改革全面推开，所有公立医院全部取消药品加成。根据规划，到2017年底前，前四批试点公立医院药占比（不含中药饮片）总体下降到30%左右。