他们认为，在距离码头只有区区数百米的对岸，已经修建了昂船洲海军基地，驻军没有必要为其防务职责在核心商业区多设置一个军用码头，兴建军用码头只是具备象征性意义。一旦军事上有需要，昂船洲的军舰出发，不用几分钟就能抵达中环。中区军用码头现址应继续由香港特区政府管理，以供市民享用。
二是认为码头将带来内地执法问题。
有人提出，将中区军用码头移交予驻军，将成为广深港高铁西九龙站“一地两检”安排的翻版，从而让内地政府在香港境内行使权力。有人质疑，军用码头设置在公共区域，一旦市民不小心“误入”，就可能遭受驻军安排的警卫人员的管控，令广大市民增加被拘捕的危险。
中区军用码头海图纸。图中红框为军用码头海上内层、外层禁区。（图/香港保安局）
三是提出码头割裂了中环休闲带的整体氛围，是与民争利。
有反对派炒作，码头所在的中环海滨公园是供市民享用休闲的地方，设置一个军用码头与周遭环境格格不入，而且有人担心倘若派驻码头的驻军人员配备长枪，会令市民感到恐惧。市民原本想着轻松地在海滨游玩散心，现在却遇到这样的烦心事，移交码头给予市民割让土地的印象。
四是指责特区政府擅自扩大协议内容。
有的提出，当年中英两国协议只订明建造长150米的码头，供军用舰艇使用，因此不应该在码头范围内设置电力供应等附属设施，也不应该划设海上禁区。还有的认为，这是当年中英两国的协议，特区政府根本不是缔约方，有什么资格和义务来移交码头？
五是炒作码头禁区影响航运安全。
有些反对派提出，中环海滨地区设置了多座码头，船只来回交通频密。军用码头将来会航行军舰，并设置海上禁区，可能影响本地船只的安全及运作，尤其是在附近航行的渔船及九号和十号公众码头的游艇受影响最大。
昂船洲海军基地海图纸，图中方形港池是舰艇停泊区。（图/香港保安局）
反对派的持续炒作，煽动了民众的恐慌心理，不少人对军用码头的建设和移交驻军使用表示担忧、反对。2013年，一些反对派持续炒作反对中区军用码头建设方案，成立“中环海滨关注组”等组织进行策动。当年12月26日下午，几名“港独”分子打着反对建码头的旗号擅闯中环军营。2014年2月，香港城市规划委员会通过决议，同意兴建军用码头的方案。