以国防部长格拉乔夫以及此后的国防会议秘书巴图林为首的激进改革派认为，既然国家走上了西化的道路，就应该完全按照西方国家的建军模式建设和改革军队。该方案遭到陆军总司令谢苗诺夫大将等人的猛烈批评。他们认为，改革必须立足俄罗斯国情军情，尽量保持苏军传统，保留军区体制和五大军种的结构。

　　在争论中，除了进行裁减外，俄军改革进展不大。1997年后战略火箭军司令出身的谢尔盖耶夫元帅担任国防部长后，在叶利钦支持下强力推进，合并了国土防空军和空军，撤销了陆军总司令部，建立了两个联合军队集团，压缩了中央机关数量，进一步裁减了员额。作为一个在政变中上台的领导人，叶利钦推行军事改革极其困难，既要在军费得不到保障的情况下大幅裁减军队，又要为确保地位稳固而寻求军方支持。这导致叶利钦推行的改革犹犹豫豫，患得患失。

　　普京上任之初就提出了“强国必先强军”的口号。他对俄军存在的问题十分清楚，也深知军事改革的重要性，并选择了一个非常信赖的、出身于情报部门的文职国防部长伊万诺夫来推行。这一时期的改革主要集中解决了三项任务。他首先要纠正叶利钦时期的不当改革措施。2001年，普京下令把军事航天部队和导弹太空防御部队从战略火箭军独立出来，组建为一个新的独立兵种——太空兵，同时将战略火箭军降格为独立兵种，实现了三军种三兵种的结构。此外，又重新恢复了陆军总司令部，放缓了兵役制度改革的步伐，通过试点一步步推进。第二步，普京着手完善国防领导指挥体制，确立了国防部长对军队的领导地位，总长成为其实质意义上的下属，使总参成为真正意义上的“军队大脑”。在此基础上，俄军决定碰最硬的一块骨头——建立地区联合作战指挥体制。虽然没有成功，但毕竟进行了一次有益的探索。