嵌入式公共外交
日本对公共外交基本运作模式的第三种改良路径是嵌入式公共外交。主要包括两种方式：第一种是以本国的跨国企业为载体，通过这些企业逐步融入当地社群或与当地的相关组织和机构合作来获得对象国民众的信任，在提升国外公众对本国好感度的同时，也构筑起了与所在国政府进行联系的非政府渠道。第二种是通过本国的NGO参与国际开发合作或紧急救灾，使整个援助更紧密地与日本的国家形象联系在一起，即所谓的“看得见的援助”。嵌入式公共外交的背后虽然有政府的政策指导性因素，但其实施主体为非政府行为体，因此在整个过程中更能体现公益性，也更易为对方国家民众所接受。
企业在公共外交中的作用可归纳为三个方面：（1）通过企业的社会责任、交流活动等，在当地居民中树立良好的国家形象；（2）通过交流事业等构建能够影响他国政策的非政府渠道；（3）为政府提供人才、资源、情报等。企业的活动虽然并非都是由政府授意，但其所构建的渠道确能为政府公共外交所用。例如，日立制作所在华盛顿的事务所，在20世纪90年代末就开始积极与当地的智库和学术团体共同开展各种项目。通过这些项目，日立构筑了与美国政界的良好关系，强化了信息收集和向美国政府提出政策建议的能力。这些都成为日本对美施加政策影响的间接渠道。
相比企业，日本的NGO与日本政府在嵌入式公共外交上的合作更加显而易见。2000年，日本政府联合经济界与NGO共同成立了“日本平台”（Japan Platform，JPF），旨在灾害发生之后，NGO可以在此平台上使用政府或民间的资金实施紧急人道主义援助。2002年，日本政府开始了针对NGO的无偿资金合作，即日本政府为NGO的海外活动提供资金支持。这些活动包括：学校建设、医疗援助、母婴保健、受灾地区的援助、农业开发以及未爆弹的拆除等。2003年日本政府又设立了“草根技术合作”项目，旨在与NGO合作推动直接有利于发展中国家民众生活水平提高的技术转移。在这些活动中，NGO代表日本参与了援助开发项目的全部过程，加深了日本这一符号在受援者心目中的印象。而日本的NGO组织也迅速扩大，并在当地建立相关运营机构，有效地融入了当地社区。
通过上述三种改良型的运作模式，日本的公共外交在冷战后进入了一个新的阶段。虽然这些模式并未见得已经成熟，且有些模式真正能在多大程度上影响别国政策还有待进一步检验，但其至少在国家形象的塑造上获得了成功，提升了别国民众对日本的好感度。这在很大程度上成为一种预防性措施，使日本能够在处理对自身不利的突发公共外交事件时有更大的回旋余地。