袁隆平还有一项杰出贡献，就是他“保住了”两系杂交育种，这种现下的主流育种技术。在袁隆平领衔全国两系法育种不到两年，就遇到了一个特大“坎儿”：1989年夏季前，业界普遍认为两系不育系育种只受光敏影响。不过，1989年夏季的一场异常低温，导致了两系不育系材料不稳定，造成了全国两系育种大面积失败。
一时间，科研届普遍“唱衰”两系育种。这一研究，甚至一度被国家和科研人员放弃。袁隆平顶住高压，积极带领大家寻找大面积制种失败的原因。通过重新研究两系不育系的光温敏特性，建立了确保制种安全的“光温敏核不育系繁殖程序”，使两系法“起死回生”，最终从研究走向了生产应用。
不是袁隆平培育的品种
不一定没有“袁氏基因”
根据“国家水稻数据中心”数据，我国推广面积前三的杂交组合品种“汕优63”、“汕优64”和“威优64”，都为三系杂交稻。这三大品种的亲本，都来源于“野败”。
“野败”（野生稻雄性败育株）为何物？它是袁隆平团队首次在海南发现并原创性利用其与栽培稻杂交、回交获得的第一个三系不育系。至今，“野败”仍被国内外杂交水稻公司广泛应用于三系育种。
日本科学家更早研究雄性不育系问题，并通过籼稻和粳稻杂交创造了“包台型”不育系。不过，这些不育系因存在花粉败育不彻底、“保持系”保持能力不完全等问题，而没有良好的应用价值。