瑞典哥特兰级潜艇，世界上第一型批量服役的AIP潜艇
在建造039G型的同时，国产第一型AIP潜艇039A型几乎同步开始研制。在2004年左右，039A型就有照片流传在网上，而039G型的批量生产也不过是在2001年，这也说明中国对于新型潜艇的需求很迫切。
039A型在脊背设计上几乎与基洛877EKM如出一辙，指挥塔的围壳大小形状和位置也与基洛级类似，设计理念上很大程度上借鉴了基洛级。它采用了类似的艇体线性，提升了远海航行能力、机动性与生存性。再加上前所未有的3500吨的水下排水量和AIP系统，039A对于中国突破岛链实行远洋航行可以起到不可估量的作用。
039A型潜艇，可以看出其艇背和基洛级高度类似
除此以外，由于039A采用与基洛级类似的水滴型结构，短粗的舰体为艏部留下了充足的空间来安装新型的大体积、大功率、远探测距离综合声纳，这样就大大提高了探测能力。2010年以后，新型的鱼-6反舰/反潜鱼雷和鹰击-18（设计理念参考了随同基洛级引进的SS-N-27反舰导弹）先后批量服役，它们也很快成为了中国新一代潜艇的标配，039A的反舰反潜水平也达到了世界一流水平。
鹰击-18
3M54导弹，北约代号“SS-N-27”，惯称“俱乐部”
尽管039A型依然是被当作039型的子型号，但北约却给它了一个单独的代号——“元”级（039型为“宋”级），甚至国外称呼它为041型的也不在少数。这也从侧面说明039A型比039型的提升不是一星半点的，而是全方位的脱胎换骨。不仅如此，有消息称日本防卫厅也在着手研发新的声呐和新型反潜用短程鱼雷，希望以此来“对付中国潜艇的严峻挑战”。039A型在外销场上也得到了国外买家的认同，以039A型技术为支持推出的S-20型潜艇，就成功赢下了巴基斯坦8艘的大单。