然而，在S-26T潜艇配套使用的发动机上，西方给我国挖了个坑。众所周知，先进的航空发动机和舰艇发动机，号称现代工业皇冠上的宝珠，技术极其复杂对生产工艺要求高，我国建国以来，工业基础薄弱，一面搞逆向工程仿制自研，一面引进国外成熟可靠的发动机已是常态。中国早期建造的039型潜艇，确实使用的是德国MTU公司提供的柴油的发动机，但相应的国产替代型号，很快便实现了技术追赶，并广泛应用在后续的039系列的A/B/C型上。
而回到S-26T潜艇的发动机问题上，正如上面提到的，经过十几年的发展，国产潜艇其实早在039A型潜艇诞生时，就已实现国产AIP动力系统和国产柴油发动机的混合应用。巴基斯坦买的S-20常规潜艇，使用的便是全套中国动力系统，从始至终合同都没出现过什么纠纷。S-26T常规潜艇最初的动力系统搭配，也计划的是国产柴油机+国产AIP动力系统，但考虑到客户的需求，我国也允许客户自选其他国家动力系统，这其实也很常见，中国军工过去外售的许多舰艇，都曾混搭外国的武器设备。
但是这次，西方国家开始下套从中作梗。泰国在交易合同中，明确指出S-26T要使用德国MTU396柴油发动机作为动力。考虑到中国的S-26T的原型，039系列的早期型号，也曾使用从德国引进的MTU396系列柴油发动机。同时，中德两国长期保持着MTU396系列柴油发动机的引进交易关系，泰国客户想要德国发动机，而中国当时又能买到德国发动机，客户是上帝，我国自然没有拒绝的道理。不过，合同敲定使用德国发动机后，很快，德国便以MTU柴油发动机不能用于军用舰艇，停止继续向我国供应S-26T潜艇所需的德国柴油发动机。