当时的民进党当局虽然划定了“暂定执法线”，但由于采取对日妥协政策，不允许“海巡署”和海军舰艇出海护渔。2005年~2006年是台日渔业冲突大规模爆发期，这一时期甚至有台湾渔民悬挂五星红旗寻求保护。国民党2008年重新执政，一改民进党一再退让的态度，主动派海巡舰艇出海护渔，台湾渔民处境才稍有改观。
17次会谈及“协议”主要内容
为解决渔业冲突，台日双方以亚东关系协会与日本交流协会的名义，从1996年8月开始至2009年2月共举行了16轮渔业会谈，仅就双方渔船作业安排进行了事务性商谈，并未达成实质性的渔业协议和具体的协商成果。
第17次渔业会谈是在2012年日本“购岛”引发中日钓鱼岛冲突愈演愈烈的大背景下，由日方主动提出而启动的。2012年9月8日，在亚太经合组织海参崴会议上，日本首相野田佳彦向连战提出恢复渔业会谈；10月5日，日本外相玄叶光一郎通过日本交流协会表示希望改善因钓鱼岛事件日趋紧张的日台关系，尽早启动日台渔业谈判。
针对日方急迫启动渔业谈判的一系列表态，9月18日，时任台“外交部”部长的杨进添表示，台方将在坚持钓鱼岛主权前提下，尽早就渔业问题展开会谈。10月25日，亚东关系协会秘书长黄明朗表示，第17次渔业会谈与过去不同，台方已将其提高到“国安层级”，由“国安会”定调，再由“外交部”“渔业署”等单位研拟对策，主要原则是“不自我限缩”。11月15日，台湾“外长”林永乐证实，台湾“已经(向日方)提出了作业范围，日本外务省及水产厅对水域问题还在磋商”，“双方对渔船作业范围，意见上没有完全一致”。