再次，按理说，此协议不限制第三方的权利。从国际法的角度来看，当事双方签署的协议对第三方无约束力。“台日渔业协议”只对台湾和日本的渔船有约束力，第三方船只，包括大陆的渔船在协议海域仍可按原来的方式作业，不应受到任何影响。对在该海域的其他性质的船只，如公务执法船、海洋调查船、油气勘探船等作业和活动也不产生任何影响。
协议签订后可能产生的影响
首先，改变海上力量对比。一是日本可以专心应对大陆执法船。从2012年以来，日本在钓鱼岛面临大陆海监、渔政和台湾海巡署执法船的双重压力。对于日本海上保安厅而言，相对于政府公务船，其实渔船更难于应对。这次签订渔业协议，可以将原来用于应对台湾渔船的力量转向大陆海监和渔政执法船。二是制造两岸之间的矛盾。单从协议本身本看，协议只对台湾和日本的渔船有约束力，第三方渔船在协议海域仍可按原来的方式作业。但协议签订后，台湾海巡署署长王进旺就表示“将驱离到27°以南作业的大陆渔船”。
其次，台日双方借协议扩大了海上执法范围。该协议虽然突破了台湾划定的暂定执法线，海巡署执法范围得到了扩充，但是协议海域也超过了日本主张的中间线，向中间线以西延伸了10海里~20海里，面积约为6190平方公里，这意味着该协议也给了日本海上保安厅突破中间线执法的借口。