再次，混淆国际视听。这次渔业协议的签订，不仅使日本不费一枪一弹就化解了来自台湾一方的维权力量，还将中日间因日本购岛引发的岛屿主权争议引向渔业资源开发。此举可能给国际社会带来一个错觉：日本致力于维护地区稳定，十余年的渔业争端都可以解决，以此反衬和诋毁中国大陆在钓鱼岛的维权执法。
同时，使中日解决东海及钓鱼岛问题更加复杂。虽然协议第4条明确了“不影响双方各自对钓鱼岛主权的主张”，暂时模糊了台日间的钓鱼岛主权之争，但这只是权宜之计。中日间钓鱼岛主权争议及与之相关的专属经济区和大陆架划界、海域资源共同开发等问题仍将长期存在。“台日渔业协议”的签订，为目前复杂的东海和钓鱼岛问题增加了一个新的不确定因素，使未来中日解决东海及钓鱼岛问题更加复杂。
最后，落入传统捕鱼权的圈套。台方在协议谈判过程中多次强调钓鱼岛周边海域是台湾传统渔场，台湾享有传统捕鱼权。根据国际法的有关规定和实践，传统捕鱼权是指一国国民长期在原来是公海的一部分捕鱼，而现该海域成为另一国的专属经济区或专属渔区，这种惯常的捕鱼活动赋予该国国民享有继续在此海域捕鱼的权利。如果台湾方面一再强调传统渔场和传统捕鱼的权利，而不强调其捕鱼权由钓鱼岛主权而产生，等于间接承认日本对钓鱼岛的主权和对钓鱼岛海域的管辖权，落入了日本的圈套。