双方协议约定设立“台日渔业委员会”，以协商双方在协议海域内的渔业资源保护、保障协议海域内渔船航行和作业安全、协商台日双方的渔业领域合作与交流。
“台日渔业协议”的法律性质
从协议本身的文本来看，表面上是一个具有民间性质的、有关渔业资源保护与开发的临时性安排，不具备国际法上的条约性质和效力，但台日视其为具有“官方”性质的法律文件。
首先，它以民间的渔业协议的名义掩盖了外交谈判的实质。虽然双方历次渔业会谈均以“台湾亚东关系协会”与“日本交流协会”名义进行，但其人员由台湾“外交部”“渔业署”“海巡署”组成，日方也以外务省、农林水产省、海上保安厅组成，实质上仍具有“官方”的性质。台湾当局还将其升高到“国安层级”，显然是将“台日渔业会谈”视为“台日外交磋商”。
其次，该文件仍有“以主权换渔权”之嫌。协议第4条规定“本协议之所有事项或为实施而采取之措施，均不得认为影响双方具权限之主管机关有关海洋法诸问题之相关立场”。从字面理解，该协议不影响双方各自对钓鱼岛“主权”的主张。协议文本上并未规定协议是否适用于钓鱼岛领海内，但在4月10日台湾外事部门的新闻稿中指出，该协议并不适用于“钓鱼台列屿周边12海里”。如果在该协议执行阶段，台湾渔船和执法船放弃进入钓鱼岛领海作业和执法，那么协议就不能排除“以主权换渔权”之嫌。