2012年11月30日和2013年3月13日，台日间分别在东京和台北举行了第17次会谈的第一次和第二次预备会议。在第一次预备会议中，台方在会谈中一是再次重申钓鱼岛主权，其附近水域为台湾渔民传统渔场，渔民正当捕鱼权利必须得到充分保障；二是宣传台方2012年提出的“东海和平倡议”。但据公开报道，因双方立场差距过大，没有达成任何协议。
2013年3月13日双方举行了第二次预备会议。会后日方表示“双方已有相当共识”，林永乐表示“有具体的进展”。
“台日渔业协议”主要内容
此次签订的“台日渔业协议”主要规定了以下几部分内容：
第一，协议适用海域。总面积73631平方公里，其北界为北纬27度，即中日渔业协定南界；西界为122°30′，超出了日本主张的中间线约10海里~20海里，重叠面积约为6190平方公里；东界和南界有3处突突破了台湾划定的“暂定执法线”，较“暂定执法线”多出了约4445平方公里。第二，特别合作海域。位于暂定执法线东南部，大致呈平行四边形，面积为4515平方公里。在此海域内，协议规定“双方努力避免产生渔业纠纷”，并设立“台日渔业委员会”进行协商。第三，双方各自管理的海域。该海域为适用海域中除特别合作海域以外的海域，面积为69116平方公里。在该海域内，双方各自管理本国渔业活动，并于协议签署后30日内制定双方的渔业管理措施。