换句话说，日方的作战命令是有考虑到攻击在珍珠港外可能出现的美军舰队的。然而不论从当事人的回忆，还是官方的战后总结，历史上南云似乎根本没有考虑过这件事情。这背后又暴露出日方当时的几个战术安排问题：
第一，如前所述，南云没有安排足够的侦察力量对瓦胡岛周围水域实施侦察，因此即使出现（事实上的确出现了）一定规模的美军舰队，机动部队也无从知晓，更不可能组织力量予以攻击。
第二，南云从一开始就放飞了所有的舰载机，从上午7点第二波攻击队起飞开始到下午2点最后一架攻击机收容完毕，整整7个小时内日方的6艘航母是没有攻击能力的空壳航母，如果算上重新整备进攻所需的至少一小时，这个时间窗口会更长。
也就是说在从日出到下午三点之前，日本航母一直处于一个比较脆弱的状态，在必须设法与敌人保持距离的同时，还需要加紧对周边的敌情侦察，在下一波攻击准备就绪之前，如果突然有敌方航母编队出现，机动部队只能挨打不能还手；一直要等到下午三点左右，他们才能选择再拉近与夏威夷之间的距离，考虑进一步打击消灭珍珠港的美军残余兵力，或者应对海上出现的敌军目标。
显然这是一个在操作上比较困难的情况。因此正确的问题应该不仅是要不要发动第三波攻击，而是向谁发动、应该什么时候发动。
这里我们可以先参考一下两年多后美方发动的一次类似作战，即被称为美国翻版珍珠港的1944年突袭特鲁克环礁作战。
在这次突袭中，美国也是从遥远的距离派出了一支庞大的航母编队突袭了日军在南太平洋的最大基地特鲁克环礁。与日军在珍珠港的做法不同，美方除了派出舰载机反复攻击港内舰队和设施之外，还派出了一支水面舰队在环礁的出口外巡逻，堵截可能出逃的日本水面舰艇。由此战列舰“密苏里”号才获得了整个服役生涯中唯一的海上炮战战果。
回头看当天上午十点以后珍珠港的情况。历史上对珍珠港的描述大多止于机动部队袭击结束，很少有笔墨介绍过袭击之后珍珠港当天还发生了什么。
根据美军的作战报告，珍珠港内的残存舰艇自空袭结束就开始组织往港外撤退，到了中午时分，凡是能靠自身动力航行的基本上已经都离开珍珠港躲避空袭了。甚至根据记录，它们中的一大部分在下午四点左右还在距离瓦胡岛以西100海里附近遇到了“企业”号编队并与之汇合。