1991年，成飞重新自行投资启动“超-7”项目，计划于1998年原型机首飞，并开始寻求与欧洲合作。巴铁希望参加联合研制。1992年2月，中国政府正式邀请巴铁空军投资“超-7”计划。作为回报，巴铁有权全面参与研发过程，并拥有合作生产权。同年5月，中、巴专家组开始“超-7”飞机项目可行性论证，于10月，双方签署研制备忘录。1993年4月，我们与俄罗斯米高扬设计局签订了“超-7”技术合作合同。米高扬设计局将已经取消的米格-33战斗机技术资料，提供给中方参考。5月，我们与俄克里莫夫设计局签订了为超-7配置的RD-93（RD-33）发动机研制批采购合同。8月，超-7研制正式立项。1998年中国与巴铁签署了合作开发“超-7”多用途战斗机的协议。1999年6月28日，双方签署《中巴合作研制S-7/FC-1飞机合同》，飞机型号正式定为FC-1。该项目中巴双方各投资50%，此外俄罗斯米格设计局也加入FC-1计划，形成了以成飞公司为主、米格设计局和巴方参与的三家合作项目。
▲FC-1的无附面层隔板超音速（DSI）进气道
2001年9月，成飞冻结了FC-1原型机技术状态，开始进行详细设计。2002年5月31日完成设计，2002年9月16日制造出首架原型机。2003年8月30日，01架原型机首飞成功，02架完成了静力试验。2004年4月9日，03架原型机首飞成功，进行操纵安定性试验和强度试飞考核。2004年6月15日，中巴双方签订FC-1/JF-17战斗机在巴基斯坦合作生产主合同和技术改造生产线合同。2004年7月FC-1飞机计划正式命名，中方称之为“枭龙”战斗机，巴铁则称之为“雷电”战斗机。
2006年4月28日，配备全状态航电系统和武器系统的04架原型机首飞成功。“枭龙”04架原型机对飞机的整个飞行状态、航电系统、控制系统和武器攻击能力进行全方位的测试并通过考核。4号原型机在01、03架原型机的基础上，进行多项改进，采用了大边条、“无附面层隔道超音速进气道”（DSI）进气道、“玻璃座舱”（座舱综合显示设备）和垂尾电子舱。这表明采用了先进的气动外形和大推力、低油耗的涡扇发动机以及先进的数字电传飞控系统、综合化航空电子和武器系统，具有发射中距弹、实现多目标超视距攻击的能力，具有多种先进的精确导航、战场态势感知、目标探测与识别、作战攻击以及电子战等功能的枭龙战机已经具备了可以批量生产的能力。